จากรายชื่อสาเหตุการเสียชีวิตที่ใหญ่ที่สุด 10 อันดับแรกในอินโดนีเซียที่ออกโดยสำนักงานวิจัยและพัฒนาสุขภาพ (Litbangkes) ของกระทรวงสาธารณสุขอินโดนีเซียในปี 2558 พบว่ามีโรคไม่ติดต่อและโรคติดเชื้อรวมอยู่ด้วย ที่น่าสนใจคือรูปแบบโรคที่เกิดขึ้นในอินโดนีเซียมีการเปลี่ยนแปลงไปเมื่อเทียบกับช่วงต้นทศวรรษ 90 ในยุค 90 โรคที่พบบ่อยที่สุดที่ชาวอินโดนีเซียประสบคือโรคติดเชื้อ รองลงมาคือโรคไม่ติดต่อและการบาดเจ็บ อย่างไรก็ตาม ในข้อมูลที่ถ่ายในปี 2560 แนวโน้มนั้นเปลี่ยนไป ปัจจุบัน โรคที่พบบ่อยที่สุดในอินโดนีเซียคือโรคไม่ติดต่อ รองลงมาคือโรคติดเชื้อและการบาดเจ็บ แสดงให้เห็นว่าวิถีชีวิตของผู้คนเปลี่ยนไปและต้องเปลี่ยนจุดเน้นในการป้องกัน ตัวอย่างของโรคติดเชื้อที่มักเกิดขึ้นในอินโดนีเซีย ได้แก่ วัณโรคและการติดเชื้อจากยุง ในขณะเดียวกัน โรคไม่ติดต่อที่พบบ่อยที่สุด ได้แก่ โรคหลอดเลือดสมอง โรคเบาหวาน และโรคหัวใจ